Triều đại của Shōmu đánh dấu sự hỗn loạn của đất nước, khi các chúa phong kiến địa phương nổi loạn khuynh đảo chính quyền trung ương. Ngay sau khi lên ngôi Thiên hoàng, Shōmu cưới hoàng hậu Kômyôshi (Quang Minh tử), con gái của Fujiwara no Fuhito có với bà Agata Inukai no Michiyo vốn có thế lực lớn trong triều đình. Việc cưới vợ là một bề tôi (họ Fujiwara) cho Thiên hoàng đã phá vỡ tục lệ cổ xưa của Nhật Bản cho rằng Thiên hoàng chỉ cưới vợ trong hoàng triều Nhật Bản. Thế nhưng, các tập quán lâu đời này của triều đình cũng không ngăn chặn nổi thế lực nhà Fujiwara.

Năm 729 (Tenpyô nguyên niên), Tả đại thần là Hoàng thân Nagaya được sự hậu thuẫn của thế lực hoàng tộc nên âm mưu phát động chính biến lật đổ cánh Fujiwara. Âm mưu không thành, ông bị Muchimaro đem quân bao vây nhà và dồn đến bước đường cùng, phải tự sát. Với sự kiện trên, họ Fujiwara bắt đầu trỗi dậy khuynh đảo triều đình. Bà Kômyôshi, con của nhân thần (jinshin) tức là bầy tôi mà lại được leo lên tới địa vị tối cao là hoàng hậu. Bà là người có lòng tin sâu sắc vào Phật giáo nên chỉ một năm sau khi trở thành Kômyô Kôgô (Quang Minh Hoàng Hậu), bà đã lập viện Hiden-in (730) làm nơi cứu trợ người bần cùng và cô nhi trong xã hội cũng như mở Seyaku-in, cơ sở cấp thuốc men và chữa trị cho họ.

Về sau do dịch bệnh hoành hành, dòng họ Fujiwara suy yếu và họ Tachibana của người anh họ Thiên hoàng (Tachibana no Moroe, anh cùng mẹ khác cha với Hoàng hậu Kômyô) lên nắm quyền, phò tá cho Thiên hoàng Shōmu. Tuy nhiên, dịch đậu mùa và hơn nữa là làn sóng chống đối họ Tachibana lại nổi lên, nhất là khu vực đảo Kyushu - đại bản doanh của họ Fujiwara.

Tháng 8/740 (Tenpyō thứ 12): Fujiwara no Hirotsugu (Đằng Nguyên Quảng Tự) nổi dậy chống triều đình ở phủ Dazai, đảo Kyushu nhằm đánh đuổi họ Tachibana, phục hồi quyền lực cho gia đình Fujiwara. Ông ta tập hợp được hơn một vạn người gồm hào tộc và nông dân trên đảo và nổi dậy chống lại chính quyền, nhưng đạo quân nổi loạn của ông ta đã bị đội quân 17.000 người do tướng của triều đình gửi ra là Ono no Azumahito đánh dẹp được. Hirotsugu bị bắt, bị triều đình chém đầu ở tỉnh Hizen[1].

Tháng 11/740, Thiên hoàng Shōmu dời đô về Kuni-kyō.

Năm 741 (Tenpyô thứ 13), vì muốn dựa vào triết lý Phật giáo hộ quốc để trấn an mọi người, Thiên hoàng hạ chiếu lập những ngôi chùa ở mỗi địa phương gọi là Kokubunji (chiếu ấy tên là Kokubunji Konryuu no Mikotonori). Theo chiếu chỉ của ông, chùa ở Nhật được xây thành hai loại: chùa địa phương (kokubunji) và chùa sư nữ địa phương (kokubun niji). Tên chính thức của nó rắc rối hơn nhiều: Konkômyô shitennô gokoku no tera (Kim quang minh tứ thiên vương hộ quốc tự) và Hokke mezzai no tera (Pháp hoa diệt tội tự)[2]. Chú ý hai chữ "hộ quốc" và "diệt tội". Nhà sư hoạt động mạnh mẽ dưới thời ấy là tăng Gyôki (Hành Cơ)[3]. Ông đã góp công lớn trong việc huy động nhân lực và tài vật để dựng pho tượng Phật khổng lồ gọi là Đại Phật (Daibutsu).

Năm 743 (Tenpyō thứ 15): Thiên hoàng Shōmu đã giáng chiếu dựng tượng Phật khổng lồ (Daibutsu Zôryuu no Mikotonori) bằng hợp kim đồng (đồng dát vàng) tục gọi là tượng Rushanabutsu (Lô Xá Na Phật)[4]. Đến khi rời đô về Heijô thì công sự dựng tượng cũng dời về chùa Tôdaiji (Đông Đại Tự)[5] ở Nara. Tượng được khánh thành vào năm Tenpyō-shōhō thứ tư (năm 752) thời Thiên hoàng Kōken.

Năm 744 (Tenpyō thứ 16): Vào mùa xuân, kinh đô được chuyển đến Naniwa-kyō mà sau đó trở thành thủ đô mới

Năm 745 (Tenpyō thứ 17): Thiên hoàng tuyên bố Shigaraki-kyo là thủ đô

Năm 745 (Tenpyō thứ 17): Ông trở về Heijō-kyō, tiếp tục xây dựng Đại Phật.

Tháng 4/749 (Tenpyō thứ 21): Shōmu dẫn đầu đoàn hoàng tộc tham dự đám rước tượng Đại Phật về chùa Todaiji. Ông cùng gia quyến đứng trước tượng Đại Phật và tuyên bố mình là tín đồ trung thành của Phật giáo.

Tháng 8/749 (Tenpyō thứ 21, tháng 7), Thiên hoàng Shōmu thoái vị nhường ngôi cho con gái mình, nữ Thiên hoàng Kōken.